دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی ایران از ادغام دو دانشکده پزشکی دانشکده پزشکی آیت الله طالقانی و مرکز پزشکی ایران تشکیل شد. مرکز پزشکی ایران در سال ۱۳۵۴ به نامه مرکز پزشکی شاهنشاهی اقدام به پذیرش دانشجویان پزشکی از مقطع کارشناسی یا لیسانس نمود. دانشجویان در ۴ دوره از ۱۳۵۴ تا ۱۳۵۷ پذیرفته شدند بعد از انقلاب اسلامی، مرکز پزشکی شاهنشاهی به مرکز پزشکی ایران تغییر نام داد.
دانشکده پزشکی آیت الله طالقانی نیز قبل از انقلاب اسلامی، به نام مجتمع آموزش پزشکی جمعیت شیر و خورشید سرخ ایران (مجتمع آموزش پزشکی باتمانقلیچ) فعالیت می کرد. از سال ۱۳۵۴ از کنکور سراسری و با مصاحبه از استان هایی که در آن زمان فاقد دانشکده پزشکی بودند (گیلان کرمانشاه و سیستان و بلوچستان) به تعداد ۶۰ نفر اقدام به پذیرش دانشجو کرد و از سالهای ۱۳۵۵ تا ۱۳۵۷، علاوه بر استان‌های فوق از استان‌های دیگر نیز پذیرش دانشجو داشت. این مجتمع پس از انقلاب اسلامی به مجتمع آموزش پزشکی جمعیت هلال احمر و بعد به دانشکده پزشکی آیت‌الله طالقانی تغییر نام یافت.
دانشکده پزشکی آیت الله طالقانی که زیر نظر مجتمع آموزشی و پژوهشی وزارت بهداری قرار داشت بعد از انقلاب فرهنگی مجدداً بازگشایی شد و این بار در آزمون سراسری سال ۱۳۶۱ مستقیماً اقدام به پذیرش دانشجو کرد. در سال ۱۳۶۴ چون برنامه آموزش پزشکی بعد از انقلاب اسلامی تغییر کرده بود و دوره فیزیوپاتولوژی در برنامه پزشکی عمومی ایجاد شده بود دوره فیزیوپاتولوژی در برنامه پرشکی عمومی ایجاد شده بود، مشترکاً برای دانشجویان مرکز پزشکی ایران و دانشکده پزشکی آیت‌الله طالقانی برگزار شد.
در سال ۱۳۶۵ که قانون تشکیل وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی تدوین و وزارت متبوع تشکیل شد مجتمع آموزشی و پژوهشی وزارت بهداری با مرکز پزشکی ایران ادغام و دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی ایران تشکیل شد.
آقای دکتر ابوالفضل خسروی زنجانی به عنوان اولین رئیس دانشگاه و آقای دکتر علی رضایی زاده به عنوان اولین رئیس دانشکده پزشکی تعیین شدند و بیمارستان‌های ذیل در اختیار این دانشگاه قرار گرفتند:
بیمارستان حضرت امیرالمومنین – بیمارستان‌فیروزگر- بیمارستان روانپزشکی شهید نواب صفوی- زایشگاه شهید اکبرآبادی – بیمارستان فیروزآبادی – بیمارستان شهدای هفتم تیر – بیمارستان شهید رهنمون – بیمارستان شفا یحیاییان – بیمارستان سوانح و سوختگی شهید مطهری – بیمارستان قلب شهید رجایی – بیمارستان شهید هاشمی نژاد – بیمارستان حضرت علی اصغر (ع) – بیمارستان حضرت فاطمه (س) و بیمارستان روانپزشکی شهید اسماعیلی
در حال حاضر این دانشکده دارای ۱۲ مرکز آموزشی درمانی است که فراگیران بسیاری از سطوح مختلف از کاردانی تا دستیاری فوق تخصصی در آن مشغول به آموزش و تحصیل هستند برخی از این مراکز به صورت تک تخصصی (جراحی ترمیمی کودکان ارتوپدی سوانح و سوختگی روان پزشکی زنان و ارولوژی) خدمات آموزشی پژوهشی و درمانی را ارائه میکنند. در دانشکده پزشکی ۱۲ گروه آموزش علوم پایه با حدود یک صد نفر عضو هیات علمی علاوه بر آموزش دانشجویان پزشکی در دوره علوم پایه به آموزش و حدود 350 نفر از دانشجویان مقاطع تحصیلات تکمیلی (185 نفر دانشجوی کارشناسی ارشد و 165 نفر دانشجوی phD مشغول هستند). همچنین ۲۸ گروه آموزش بالینی با بیش از 700 نفر عضو هیئت علمی آموزش های خود را در سطوح مختلف کارآموزی تا فوق تخصصی در مراکز آموزشی درمانی تحت پوشش ارائه میکنند.
دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی ایران آموزش بیش از ۱7۰۰ دانشجو در مقطع پزشکی عمومی، و 1081 نفر در مقطع تخصصی، 115 نفر در مقطع فوق تخصصی و 170نفر در مقطع فلوشیپ را بر عهده دارد.
